Clemens Müller wurde in Tübingen geboren. Nach seinem Abitur studierte er zunächst Klavier an den Musikhochschulen Trossingen bei Tomislav Nedelkovic-Baynov und in Saarbrücken bei Thomas Duis. Parallel dazu absolvierte er ein Studium in Liedgestaltung und Kammermusik in Trossingen und Berlin (Hochschule für Musik "Hanns Eisler"). Zu seinen prägendsten Lehrern gehören dabei Wolfram Rieger, Irwin Gage und Peter Nelson. Beide Bereiche seines Studiums schloss er mit dem Konzertexamen (Solistenklasse) ab.
Wichtige künstlerische Impulse erhielt er darüber hinaus in Meisterkursen von Karl-Heinz Kämmerling, Axel Bauni, Anne LeBozec, Ulrich Eisenlohr, Cornelis Witthoefft, Burkhard Kehring, Dominique Merlet, Johan van Beek, Boris L´vov, Alfredo Perl, Kemal Gekic und Benedetto Lupo.
Clemens Müller konnte als Preisträger bei renommierten Wettbewerben auf sich aufmerksam machen.
So wurde er unter anderem beim 39. Deutschen Musikwettbewerb, beim 59. Wettbewerb der Deutschen Musikhochschulen, beim Paula Lindberg-Salomon-Wettbewerb `Das Lied` und den Concorsi Internazionali della Val Tidone ausgezeichnet.
Jüngst erhielt er das Elsa-Neumann-Stipendium des Landes Berlin.
Des weiteren ist er Stipendiat der Kunststiftung Baden-Württemberg (Stuttgart), der Paula und Albert Salomon – Stiftung (Amsterdam), der Justus Hermann Wetzel – Stiftung (Berlin), der Hans und Eugenia Jütting – Stiftung (Stendal) und des Richard-Wagner-Verband (Saarbrücken) und wurde in die 58. Bundesauswahl Konzerte Junger Künstler des Deutschen Musikrats aufgenommen.
Seine Vielseitigkeit als Solist, Liedpianist und Kammermusikpartner führte Clemens Müller zu Auftritten bei wichtigen Festivals wie den Schwetzinger Festspielen, den Donaueschinger Musiktagen, den Weingartner Musiktagen, dem Bayreuther Osterfestival und dem Deutschen Liedforum Berlin. Außer seiner Konzerttätigkeit in Europa wurde er zu Konzertreisen nach Korea, Taiwan und Vietnam eingeladen.
Rundfunk- und Fernsehaufnahmen, sowie live-Übertragungen entstanden mit dem SWR und dem Deutschlandfunk.
Derzeit unterrichtet Clemens Müller an der Musikhochschule Trossingen und an der Stella Vorarlberg Privathochschule für Musik in Feldkirch/Österreich.